眼结膜炎可以使用的眼药水种类较多，具体需根据病因选择。一般细菌性结膜炎可选用抗生素类眼药水，如左氧氟沙星滴眼液，它能有效抑制细菌生长繁殖，通常能在一定时间内缓解症状；病毒性结膜炎可选用抗病毒类眼药水，像阿昔洛韦滴眼液，对常见的引起病毒性结膜炎的病毒有抑制作用。
细菌性结膜炎适用眼药水
左氧氟沙星滴眼液： 属于喹诺酮类抗生素，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用。它对多种引起细菌性结膜炎的常见病菌有良好的抗菌活性。一般用药后数小时可见症状改善，但需遵医嘱规律用药，通常需连续使用数天。妥布霉素滴眼液： 也是常用的抗生素眼药水，对革兰阴性菌和阳性菌都有作用。对于由敏感菌引起的结膜炎效果较好，使用时要注意，开启后一般不建议超过4周使用，避免药物变质。
病毒性结膜炎适用眼药水
阿昔洛韦滴眼液： 是特异性抑制病毒DNA多聚酶的药物，能阻止病毒DNA合成，从而抑制病毒复制。用于治疗单纯疱疹病毒性结膜炎，一般需要按时滴眼，每次1-2滴，每2小时一次，白天使用，晚上可使用更昔洛韦眼用凝胶等。利巴韦林滴眼液： 能抑制肌苷单磷酸脱氢酶，阻断肌苷酸转化为鸟苷酸，从而抑制病毒的RNA和DNA合成，对多种RNA和DNA病毒有抑制作用，可用于病毒性结膜炎的治疗，使用时要注意滴药时避免瓶口接触眼睛，防止污染药液。
过敏性结膜炎适用眼药水
富马酸依美斯汀滴眼液： 为组胺H1受体拮抗剂，可选择性地阻断组胺H1受体，从而减轻过敏反应引起的症状。起效较快，一般用药后15分钟左右就能缓解眼部瘙痒等症状，一次1滴，一日2次，间隔6-8小时以上。色甘酸钠滴眼液： 能稳定肥大细胞细胞膜，阻止肥大细胞释放组胺、白三烯、缓激肽等致敏介质，从而预防过敏反应的发生。可用于预防过敏性结膜炎，在接触过敏原之前使用效果更佳，一次1-2滴，一日3-4次。
沙眼导致的结膜炎适用眼药水
磺胺醋酰钠滴眼液： 是一种外用磺胺药，通过抑制二氢叶酸合成酶，干扰细菌叶酸代谢，从而抑制细菌生长繁殖。对沙眼衣原体有一定的抑制作用，使用时要注意按疗程用药，一般需连续使用数周。红霉素眼膏： 属于大环内酯类抗生素，作用机制是抑制细菌蛋白质合成。对于沙眼引起的结膜炎，晚上睡觉前涂抹眼膏，药物在眼内停留时间较长，能持续发挥作用，有助于炎症的消退。