咖啡灌肠既有好处也有坏处。好处在于其可清洁肠道，且咖啡因能促进谷胱甘肽酶分泌，这是肝脏解毒和消除自由基极为重要的酵素，咖啡所含成分还会扩张肠壁血管并缓和肠炎。坏处主要有以下几方面：
一、咖啡灌肠液中的酸会刺激肛门皮肤，可能使痔疮恶化，直肠有出血性伤口的人不适合；若体力不好、身体虚弱的人进行灌肠后会急速排便，可能导致体内钠或钾等矿物质的平衡失调，进而引发贫血现象。
1.对于有痔疮的人：可能会加重病情。
2.对于体弱的人：可能引起矿物质失衡和贫血。
二、可能导致水电解质紊乱。
三、可能导致肠道菌群失调，因为咖啡所含的杀菌成份对大肠上部的有益菌不利，而肠道内大量微生物在人体消化吸收、抵抗外来病菌等诸多方面起着关键作用。
1.对菌群的影响：破坏有益菌。
2.微生物的重要性：影响消化吸收和抵抗病菌等。
四、可能让有大肠憩室的病患症状恶化，且可能伤害肠壁。
总之，咖啡灌肠有一定益处，但也存在多种风险和弊端，在考虑采用这种方法时需谨慎评估自身状况。