肠道易激综合症可以使用调节肠道菌群的药物、止泻药物、解痉药物等。一般来说，常用的调节肠道菌群药物有双歧杆菌四联活菌片等，这类药物能调节肠道内菌群平衡，改善肠道功能。
调节肠道菌群药物
双歧杆菌四联活菌片： 它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌群，抑制有害菌生长，有助于改善肠道易激综合症引起的肠道功能紊乱情况。一般是口服，成人一次3片，一日3次。但需注意，应避免与抗菌药物同服，如需服用，间隔时间最好在2-3小时以上。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 可调整肠道菌群失调，对肠道易激综合症导致的腹泻、腹胀等症状有一定改善作用。口服，一次2粒，一日3次。服用时也应注意避免与抗菌药物同时使用，若必须使用，需咨询医生调整用药方案。
止泻药物
洛哌丁胺： 适用于控制肠道易激综合症引起的腹泻症状。它能抑制肠道平滑肌的收缩，减少肠蠕动。成人首次服用4mg，以后每次不成形便后服用2mg，一日最大剂量不超过16mg。但要注意，若腹泻伴有发热等感染症状，不宜单独使用洛哌丁胺，应同时进行抗感染治疗。蒙脱石散： 能吸附肠道内的病原体和毒素，保护肠道黏膜。口服，成人一次1袋（3g），一日3次。儿童1岁以下每日1袋，分3次服；1-2岁每日1-2袋，分3次服；2岁以上每日2-3袋，分3次服。服用时需注意，蒙脱石散要空腹服用，且服用后1-2小时内不宜服用其他药物，以免影响药效。
解痉药物
匹维溴铵： 是一种对胃肠道具有高度选择性解痉作用的钙拮抗药，能缓解肠道易激综合症引起的腹痛症状。通常成人每次1片（50mg），一日3次，进餐时服用。它的副作用相对较少，偶有胃肠不适、嗜睡或眩晕等，但一般较为轻微。曲美布汀： 可调节胃肠道运动节律，改善肠道易激综合症引起的消化道功能紊乱及疼痛。成人常用剂量为一次0.1-0.2g，一日3次。它对胃肠道的调节作用较为温和，不良反应一般较轻，如偶有口渴、口内麻木、腹泻、便秘和心动过速等，但多数可自行缓解。