头孢氨苄和阿莫西林的区别主要体现在以下几个方面：
1.化学结构：头孢氨苄是第一代头孢菌素，其母核是7-氨基头孢烷酸（7-ACA）；阿莫西林是半合成的广谱青霉素，属于β-内酰胺类抗生素，通过与细菌青霉素结合蛋白（PBPs）结合，干扰细菌细胞壁的合成，起到抗菌作用。
2.抗菌谱：头孢氨苄主要对革兰氏阳性菌（G+）有抗菌作用，包括链球菌、肺炎球菌、葡萄球菌等；阿莫西林对革兰氏阴性菌（G-）也有一定的抗菌活性，如流感嗜血杆菌、大肠埃希菌等，此外对部分厌氧菌也有作用。
3.药代动力学：头孢氨苄口服吸收良好，生物利用度较高，体内分布广泛，能透过血脑屏障；阿莫西林口服吸收较快，生物利用度较高，主要经肾脏排泄。
4.不良反应：两者的不良反应都比较轻微，但也可能出现一些过敏反应、胃肠道反应等。头孢氨苄可能会引起皮疹、瘙痒等过敏反应，偶见胃肠道反应；阿莫西林可能会出现恶心、呕吐、腹泻等胃肠道反应，还可能引起过敏反应，如皮疹、药物热等。
5.适应症：头孢氨苄主要用于治疗敏感菌引起的呼吸道、泌尿道、皮肤软组织等感染；阿莫西林适用于敏感菌所致的呼吸道、尿路、胆道感染以及伤寒等。
6.禁忌症：对头孢菌素类药物过敏者禁用头孢氨苄；对青霉素类药物过敏者及青霉素皮肤试验阳性患者禁用阿莫西林。
7.注意事项：在使用头孢氨苄和阿莫西林时，应遵循医生的建议，按照医嘱用药。对青霉素过敏的患者，使用前需进行青霉素皮试。同时，应注意药物的相互作用，避免与其他药物同时使用。此外，孕妇和哺乳期妇女在使用时需谨慎。
需要注意的是，以上信息仅供参考，具体用药应根据个人情况在医生的指导下进行选择。如果出现不适或过敏反应，应及时就医。