自然流产的原因较为复杂，涉及胚胎因素、母体因素、父亲因素以及环境因素等多方面。
一、胚胎因素
胚胎染色体异常是早期自然流产最常见的原因，约占50% - 60%。染色体数目或结构的异常会影响胚胎的正常发育，从而导致流产。
二、母体因素
- 全身性疾病：孕妇患有严重感染、高热疾病等，会影响胎盘和胎儿的血液循环，增加流产风险。例如，孕妇感染风疹病毒等，可能导致胚胎发育异常引发流产。
- 生殖器官异常：子宫畸形，如单角子宫、双角子宫等，会影响胚胎着床和发育；子宫肌瘤尤其是黏膜下肌瘤，也可能干扰胚胎生长环境，导致流产。
- 内分泌异常：黄体功能不全可导致孕激素分泌不足，影响子宫内膜容受性，不利于胚胎着床和发育；甲状腺功能减退会影响母体的代谢等多种生理过程，增加流产几率。
三、父亲因素
父亲精子染色体异常也可能造成胚胎染色体异常，从而引发自然流产。
四、环境因素
过多接触有害化学物质，如苯、甲醛等，以及长期接触电离辐射等，都可能增加自然流产的发生风险。例如，长期处于有放射性物质的工作环境中的孕妇，流产可能性相对较高。