宝宝发烧39度且处于熟睡状态，可通过饮食、冷敷、药物等方式来治疗。具体如下：
一、饮食：宝宝发烧39度正在熟睡时，要叫醒孩子，给孩子少量多次喂温开水。这样能促进排泄，让水带走热量，从而降低体温。孩子清醒后其体温调节能力会增强，对降温有帮助。
二、冷敷：当宝宝发烧39度处于熟睡中，可采用冷敷疗法。可将湿冷毛巾放在宝宝的手腕、额头、小腿处进行降温，当冷敷的毛巾温度升高后，及时更换，如此重复可起到良好的辅助治疗效果。
三、药物：若宝宝发烧39度用上述方法效果不佳，可在医生指导下使用利巴韦林、阿昔洛韦、更昔洛韦等抗病毒药物进行治疗，同时也可遵医嘱使用布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚等解热镇痛药物进行治疗。
总之，当宝宝发烧39度且在熟睡时，可根据实际情况选择合适的治疗方法，以帮助宝宝尽快降温，若情况持续不缓解或加重，应及时就医。