灰指甲常用的治疗药物有外用药物和口服药物，其中外用药物如阿莫罗芬搽剂较为常用，一般需要连续使用数月；口服药物如伊曲康唑胶囊等也有较好疗效，但使用时需注意相关事项。一般来说，规范使用合适的药物才能取得较好效果，但具体哪种药最有效需根据个体情况而定。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂：它是局部外用抗真菌药，通过干扰真菌细胞膜麦角固醇的合成，发挥抗真菌作用。每周使用1 - 2次，坚持使用数月，对轻度灰指甲有一定疗效。使用时要注意指甲周围皮肤的保护，若皮肤有破损、过敏等情况需谨慎使用。环吡酮胺乳膏：能抑制真菌细胞膜的合成，影响真菌代谢。可涂抹在病甲及周围皮肤，每天1 - 2次。但对于较严重的灰指甲，单独使用可能效果有限，需结合其他治疗方法。
口服抗真菌药物
伊曲康唑胶囊：属于合成的三氮唑衍生物，是广谱抗真菌药。采用冲击疗法，即服用1周，停药3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它对皮肤癣菌、酵母菌等引起的灰指甲有较好疗效，但使用前需检查肝功能，因为它可能对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要避免使用或在医生密切监测下使用。特比萘芬片：能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，影响真菌细胞壁的合成。口服吸收良好，一般连续服用数月，具体疗程根据病情而定。同样，使用前也需要关注肝功能情况，孕妇及哺乳期妇女要慎用。
综合治疗及注意事项
在使用药物治疗灰指甲的同时，要注意保持足部清洁干燥，勤换鞋袜，避免与他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止交叉感染。对于指甲受损严重的情况，可能需要先进行病甲的清创处理，再配合药物治疗。而且药物治疗灰指甲需要一定的时间，不能急于求成，要按照医生的建议坚持用药，定期复诊，观察治疗效果和药物的不良反应。不同患者的病情严重程度、个体差异等不同，所以需要在医生的指导下选择最适合的药物及治疗方案。