治疗灰指甲比较有效的药物主要有口服药和外用药。口服药方面，伊曲康唑是常用的，一般采用冲击疗法，一个疗程大概需要几个月时间。外用药的话，像阿莫罗芬搽剂也有一定效果，通常需要连续使用几个月。
口服抗真菌药
伊曲康唑：它是脂溶性药物，需要餐后立即服用，利用脂肪促进吸收。其作用机制是抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响真菌细胞膜合成。一般采用冲击疗法，即每次200mg，每天2次，连用1周，停药3周为一个疗程，根据指甲受累情况，通常需要2 - 3个疗程。不过，肝功能异常者禁用，使用前需检查肝功能。特比萘芬：是一种丙烯胺类抗真菌药，能特异性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜角鲨烯转化为麦角固醇，从而发挥杀菌作用。口服剂量为每天250mg，一般指甲癣服用6 - 8周，趾甲癣服用12 - 16周。但严重肝肾功能不全者慎用，使用过程中也要监测肝功能。
外用抗真菌药
阿莫罗芬搽剂：它的有效成分阿莫罗芬能干扰真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌代谢。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂涂抹于病甲表面，每周使用1 - 2次，一般需要连续使用6个月左右。不过，对阿莫罗芬过敏者禁用，涂抹时要避免接触周围正常皮肤。环吡酮胺乳膏：通过改变真菌细胞膜的完整性，引起细胞内物质外流，并阻断其营养摄取而导致真菌死亡。外用时涂抹于病甲及周围皮肤，每天1 - 2次，需要长期使用，通常要持续数月。孕妇及哺乳期妇女慎用，避免接触眼睛和其他黏膜。
综合治疗注意事项
在治疗灰指甲时，还需要注意个人卫生，保持足部干燥，勤换鞋袜，不与他人共用拖鞋、脚盆等生活用品。同时，要坚持规范用药，因为灰指甲的治疗周期较长，不能因为短期内看不到明显效果就随意停药。如果是合并有糖尿病等基础疾病的患者，要积极控制基础疾病，因为这类患者灰指甲更容易复发且治疗效果可能相对较差。另外，儿童患者使用抗真菌药物要谨慎，一般不推荐5岁以下儿童口服抗真菌药治疗灰指甲，可优先选择外用相对温和的药物，但也需在医生指导下使用。