怀孕40多天时流产多数是由于胚胎自身的原因。
一、如果胚胎形成后存在严重的染色体疾病、遗传性疾病，那么胚胎本身质量就欠佳，容易导致胚胎发育不良，进而出现流产，这是一种自然淘汰现象，即便少数胚胎妊娠到足月，也会出现畸形或功能缺陷。
1.染色体疾病、遗传性疾病会严重影响胚胎质量。
(1)这些疾病可能导致胚胎的基因异常。
(2)使胚胎无法正常发育和生长。
2.质量不好的胚胎往往难以继续良好发育。
(1)可能会出现发育停滞或异常。
(2)最终引发流产。
二、怀孕40天属于胚胎刚着床不久，此时女性进行剧烈运动、过于劳累、精神压力大、同房等，都有可能引发流产。
1.剧烈运动对刚着床的胚胎有不利影响。
(1)可能会干扰胚胎的稳定。
(2)增加流产的风险。
2.过于劳累会使身体处于疲劳状态。
(1)不利于胚胎的生长环境。
(2)容易引发流产情况。
3.精神压力大对孕妇和胚胎都有危害。
(1)可能影响激素平衡。
(2)进而导致流产发生。
4.同房在这个阶段可能刺激子宫。
(1)引起子宫收缩等反应。
(2)从而诱发流产。
三、如果孕酮水平低或者子宫内膜较薄，宫腔没有足够营养供应胚胎生长发育，也会出现有先兆流产的情况。
1.孕酮水平低影响胚胎的稳固。
(1)无法提供足够的支持。
(2)易导致先兆流产。
2.子宫内膜薄使营养供应不足。
(1)不能满足胚胎的需求。
(2)引发先兆流产现象。
总之，怀孕40多天时流产的原因较为复杂，主要包括胚胎自身的问题、孕妇的不当行为以及身体相关指标的异常等，需要综合多方面因素进行分析和判断。