口腔溃疡的治疗药物有多种，一般局部用药较为常见，比如复方氯己定含漱液，它能起到杀菌消炎的作用，通常每天含漱3 - 4次。
局部用药类
含漱剂：像康复新液也可用于口腔溃疡，它能促进创面愈合，每次含漱10 - 20毫升，每天3 - 4次。散剂：冰硼散也是常用的，将其少量吹敷于溃疡处，能起到消肿止痛的效果，但小孩使用时要注意避免误吸。
促进愈合类
重组人表皮生长因子凝胶：它可以促进口腔溃疡创面的愈合，直接涂抹在溃疡表面即可，一般每天涂抹2 - 3次。维生素类药物：口服维生素B₂、维生素C等，从一定程度上能辅助口腔溃疡的愈合，比如维生素B₂，成人一般每天服用3次，每次1 - 2片。
止痛类
利多卡因凝胶：如果口腔溃疡疼痛较为剧烈，可在进食前少量涂抹利多卡因凝胶来暂时止痛，但不能频繁使用，以免产生依赖。苯佐卡因凝胶：同样有止痛作用，涂抹在溃疡部位能缓解疼痛感觉，不过儿童使用需谨慎。
免疫调节类
转移因子口服液：对于一些反复发生的口腔溃疡，可在医生评估下使用转移因子口服液来调节免疫，但一般不建议儿童自行随意服用，需遵医嘱。糖皮质激素制剂：如地塞米松粘贴片，能起到抗炎、抗过敏的作用，贴于溃疡处，不过长期使用可能会有一些副作用，要在医生指导下使用，尤其儿童使用更需谨慎把控。