肛周脓肿效果较好的治疗方法主要是手术治疗。一般来说，确诊肛周脓肿后，多在发病后的24-48小时内进行手术，能有效缓解症状。
手术治疗方式
切开引流术：这是治疗肛周脓肿最常用的方法。医生会在脓肿波动最明显的部位切开，排出脓液。术后需要定期换药，一般创面愈合需要数周时间。该手术能迅速减轻疼痛和感染情况，但单纯切开引流可能会形成肛瘘，约有1/3-1/2的患者会发展为肛瘘。一次性根治术：对于部分低位单纯性肛周脓肿，可采用一次性根治术。这种手术是在找到内口的情况下，将脓肿原发灶、内口一并处理，避免了二次手术的痛苦。不过，手术对医生的技术要求较高，需要准确找到内口才能保证效果。
非手术治疗辅助
抗生素治疗：在手术前后，可能会使用抗生素来控制感染。一般会根据脓液培养和药敏试验结果选择合适的抗生素，如头孢类抗生素等。但单纯依靠抗生素往往不能治愈肛周脓肿，只能作为手术治疗的辅助手段，而且不能滥用抗生素，否则可能导致细菌耐药。坐浴：术后或非手术治疗期间，可以用温水或1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天1-2次，每次15-20分钟。坐浴可以清洁肛门局部，促进血液循环，有助于炎症的消退和伤口的愈合。不过，坐浴时要注意水温适宜，避免烫伤。
术后护理要点
创面护理：术后要保持肛周创面清洁，按时换药。换药时要注意观察创面的愈合情况，有无渗血、渗液、感染等。如果发现创面有异常，要及时告知医生进行处理。饮食调整：患者术后应注意饮食，避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、花椒等，以免刺激肛门局部，影响创面愈合。要多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果、粗粮等，保持大便通畅，防止便秘或腹泻对创面造成不良影响。一般每天的饮水量建议在1500-2000毫升左右，以保证大便湿润易排出。