水猴子医学上称为传染性软疣，目前并没有所谓的“特效”药物能快速根治。传染性软疣主要治疗方法有以下几类：
局部治疗
镊子夹除：医生会用消毒后的镊子将软疣小体逐个夹除，这是比较常用的方法。一般在夹除后局部会有少许出血，需要注意保持局部清洁，防止感染。刮除术：用刮匙将软疣刮除，然后在局部涂抹碘伏等消毒剂，同样要注意预防感染。
物理治疗
冷冻治疗：利用低温液氮使软疣组织坏死脱落。冷冻后局部可能会出现水疱，要避免水疱破裂继发感染，一般1 - 2周水疱会干涸结痂脱落。激光治疗：通过激光的高能量烧灼疣体，使其碳化脱落。激光治疗后局部会有创面，需要保持创面干燥清洁，避免沾水，防止感染。
药物辅助治疗
抗病毒药物：对于免疫力较低容易复发或者泛发的传染性软疣，可在医生评估下使用一些抗病毒药物辅助治疗，但单独靠药物治愈传染性软疣的效果有限。比如可以使用干扰素等，不过干扰素可能会有一些副作用，如发热等，需在医生严密监测下使用。传染性软疣具有传染性，在治疗过程中要注意个人卫生，避免搔抓疣体，防止自身接种传染，同时也要避免与他人共用毛巾、衣物等，防止传染给他人。如果是儿童患有传染性软疣，家长要更加注意孩子的日常用品消毒等，尽量避免孩子搔抓患处。