水猴子医学上称为传染性软疣，目前并没有所谓“最有效”的特定药物，主要治疗方法有局部治疗等。
局部治疗方法
刮除术： 医生会用特制的小镊子将软疣小体彻底夹除，这是比较常用的方法。一般在局部消毒后进行操作，能直接去除疣体。冷冻治疗： 利用低温的液氮使疣体组织坏死脱落。治疗时可能会有局部轻微疼痛，一般1 - 2周左右疣体可脱落。
药物辅助治疗
外用药物： 可以使用维A酸软膏等药物，不过外用药物起效相对较慢，而且对于一些较大的疣体效果可能不太理想。维A酸软膏能调节上皮细胞的生长和分化。
日常注意事项
避免搔抓： 传染性软疣具有传染性，搔抓疣体后可能会自身接种，导致皮疹增多。所以要尽量避免用手搔抓患处。注意个人卫生： 要保持皮肤清洁，勤换衣物。不和他人共用毛巾、浴巾等个人物品，防止传染给他人。