急性肾盂肾炎主要是由细菌感染引起的，其中最常见的致病菌是大肠埃希菌，约占60%~80%。
感染途径
上行感染：这是最主要的感染途径。细菌由尿道上行进入膀胱，然后沿输尿管向上蔓延至肾脏，从而引发肾盂肾炎。比如，女性由于尿道短而宽，且距离肛门较近，更容易发生上行感染。血行感染：细菌从身体其他部位的感染灶侵入血流，到达肾脏引起肾盂肾炎。这种情况相对较少见，常见于机体免疫力极度低下或有严重感染时，例如皮肤感染、疖痈、扁桃体炎等病灶的细菌入血播散至肾脏。
易感因素
尿路梗阻：如尿路结石、前列腺增生、先天性尿路畸形等，会阻碍尿液排出，使细菌容易在尿路繁殖，增加肾盂肾炎的发病风险。据统计，约有1/3的肾盂肾炎患者存在尿路梗阻的情况。膀胱 - 输尿管反流：指排尿时尿液从膀胱逆流至输尿管甚至肾盂的现象。这会使细菌容易在肾脏定植，儿童的膀胱 - 输尿管反流发生率相对较高，是儿童肾盂肾炎的重要易感因素之一。机体免疫力低下：长期使用免疫抑制剂、糖尿病患者、艾滋病患者等，由于机体抵抗力下降，容易遭受细菌侵袭引发肾盂肾炎。例如，糖尿病患者血糖控制不佳时，泌尿系统感染的发生率会明显升高。
女性特殊因素
生理结构特点：女性的尿道短、宽且直，距离肛门较近，细菌更容易侵入尿道并上行至肾脏。据相关数据统计，女性患肾盂肾炎的概率是男性的10~15倍。性生活因素：性生活时容易将尿道口周围的细菌挤入膀胱，从而增加肾盂肾炎的发病机会。尤其是育龄女性，性生活后肾盂肾炎的发生率会有所上升。