紧急避孕药可能会带来一些危害，比如一个月经周期内多次服用紧急避孕药，失败率会升高，还可能导致月经紊乱。据统计，部分女性服用紧急避孕药后，月经提前或推迟的概率能达到20%左右。
月经紊乱方面
经期改变： 服用紧急避孕药后，可能出现月经提前或推迟的情况。有的女性原本规律的月经周期会被打乱，比如本来每月1号来月经，吃了药后可能变成15号来，或者推迟到下个月5号才来。经量变化： 还可能出现经量增多或减少的状况。有些女性服药后月经量比平时明显增多，甚至像正常月经量的2 - 3倍；而有的则经量变少，只是点滴状出血。
肠胃不适方面
恶心呕吐： 相当一部分人服用紧急避孕药后会有恶心的感觉，严重的可能会呕吐。一般在服药后的几个小时内出现，大概有10% - 20%的人会因为恶心呕吐比较明显而影响药物的吸收效果。食欲不振： 服药后还可能出现食欲不振的情况，吃不下东西，这种情况可能会持续1 - 2天，影响正常的进食和营养摄入。
激素影响方面
内分泌失调： 紧急避孕药含有大量激素，会影响人体自身的内分泌平衡。长期或频繁服用可能导致内分泌失调，进而影响卵巢的正常功能，比如影响卵泡的发育等。体重变化： 部分女性服用后可能会出现体重略有增加的情况。这是因为激素影响了体内的水钠代谢，大概有5% - 10%的女性会有这种体重变化，但一般增加幅度不大，在1 - 2公斤左右。总之，紧急避孕药不能作为常规避孕方法，一个月经周期内最好只服用一次，一年服用也不宜超过3次，要是经常服用对身体会有较多不良影响。