紧急避孕药可能会带来一些危害，比如服用后约有10%的女性可能会出现月经紊乱，表现为月经提前或推迟。一般来说，紧急避孕药一个月经周期内最好只吃一次，一年内服用最好不超过3次。
对月经的影响
月经提前： 服用紧急避孕药后，体内激素水平发生变化，可能会导致子宫内膜提前脱落，引起月经提前来潮。这种提前可能会持续1-2个月经周期，之后大多能逐渐恢复正常。月经推迟： 也有部分女性服用后会出现月经推迟的情况，如果月经推迟超过1周，需要排除怀孕的可能，因为紧急避孕药并不是100%避孕成功的，同时也要考虑药物对月经周期的干扰。
对肠胃的刺激
恶心呕吐： 约有一部分人服用紧急避孕药后会出现恶心的症状，严重的可能会呕吐。一般在服药后的几个小时内出现，症状较轻的通常不需要特殊处理，1-2天可自行缓解；但如果呕吐比较严重，尤其是在短时间内频繁呕吐，可能会影响药物的吸收，需要补服药物。肠胃不适： 还可能会出现肠胃不适的感觉，比如腹痛、腹胀等，一般症状相对较轻，通过休息、调整饮食等方式大多可以缓解。
对内分泌的干扰
激素失衡： 紧急避孕药含有较高剂量的孕激素，会影响人体自身的内分泌调节。长期或频繁使用可能会导致内分泌紊乱，进而影响卵巢的正常功能，比如影响排卵等。内分泌紊乱还可能会带来其他问题，比如皮肤出现痘痘、色斑等情况增多。对生殖系统的潜在影响： 虽然短期使用紧急避孕药一般不会对生殖系统造成不可逆的严重损害，但频繁使用可能会对生殖内分泌系统的长期稳定产生一定不良影响，不过这种影响大多是可逆的，在停止使用后，身体会逐渐调整恢复。