吞咽疼痛可能由多种原因引起，比如常见的口腔咽喉部炎症，像急性扁桃体炎，发病率较高，尤其是儿童和青少年容易患病，患者会感觉吞咽时咽痛明显，还可能伴有发热等症状。
口腔咽喉部疾病导致
急性扁桃体炎：除了吞咽疼痛外，还可能看到扁桃体红肿，甚至有脓性分泌物。一般由细菌或病毒感染引起，细菌感染时可能需要使用抗生素治疗，但要遵医嘱，不能自行滥用。咽炎：包括急性咽炎和慢性咽炎，急性咽炎多由病毒感染引发，起病较急，吞咽时疼痛较为明显，可能伴有咽部干燥、灼热感等；慢性咽炎则是长期炎症刺激导致，吞咽疼痛相对较轻，但会反复出现咽部不适。
食管相关疾病引发
食管炎：如反流性食管炎，是因为胃内容物反流到食管，刺激食管黏膜引起吞咽疼痛，尤其在进食后平卧时容易加重，部分患者还会有烧心、反酸的症状。食管异物：如果有骨头、鱼刺等异物卡在食管里，会立刻出现明显的吞咽疼痛，而且吞咽时疼痛会加重，这种情况需要及时就医处理，否则可能会导致食管穿孔等严重后果。
全身性疾病的局部表现
链球菌感染：链球菌感染除了引起扁桃体炎外，还可能导致猩红热等疾病，也会出现吞咽疼痛的症状，同时可能伴有发热、皮疹等表现，需要通过相关检查明确诊断。艾滋病：在艾滋病急性期，部分患者会出现吞咽疼痛的症状，同时可能伴有发热、乏力、淋巴结肿大等，有高危行为的人如果出现吞咽疼痛等症状要及时进行艾滋病相关检测。