临床中眨眼眼睛疼痛的原因较多，主要有眼睛过度疲劳、结膜炎、角膜炎、倒睫、外伤等。建议患者依据具体原因，在医生指导下对症治疗。
一、眼睛过度疲劳：日常生活中，长时间看手机或电脑会导致眼部疲劳，可能伴有疼痛。可通过热敷促进局部血液循环来缓解疼痛，必要时遵医嘱局部点滴抗疲劳眼药水，如萘敏维滴眼液可缓解眼疲劳、结膜充血等；玻璃酸钠滴眼液能滋润眼睛、缓解不适。
二、结膜炎：这是结膜组织的炎症性疾病，多由细菌感染引起，一般有眼睛发红、干涩、发痒等症状，还可能伴有疼痛致眨眼时眼睛疼痛。可在专科医生指导下使用左氧氟沙星滴眼液来抗菌；妥布霉素滴眼液能治疗敏感细菌所致的外眼及附属器感染。
三、角膜炎：主要因感染导致，如细菌性、真菌性等，会使眼睛刺激症状明显，伴有眼部疼痛致眨眼时眼睛疼痛。可遵医嘱使用抗生素眼药水治疗，如左氧氟沙星滴眼液可用于多种眼部感染；氯霉素滴眼液能治疗细菌性角膜炎等。
四、倒睫：指睫毛向眼球生长，会摩擦角膜引起疼痛、流泪、异物感等，眨眼时眼睛疼痛。若倒睫数量少，可在手术显微镜下切除倒睫毛囊；倒睫数量多或反复发作者，可行倒睫部位眼睑全层切除术、眼睑前层后徙术等手术。
五、外伤：受伤后眼睛疼痛可能是炎症刺激引起，可在专科医生指导下使用抗炎药物，如使用左氧氟沙星滴眼液抗炎，口服头孢克肟胶囊促进恢复。
总之，当出现眨眼眼睛疼痛时，要明确具体原因，然后采取针对性的治疗措施。