小孩长期口腔溃疡可能由多种原因引起。一般来说，小孩长期口腔溃疡可能与缺乏维生素有关，比如缺乏维生素B₂时就较容易出现口腔溃疡情况，据统计，约有30% - 50%的口腔溃疡患者存在维生素B₂缺乏的情况。
缺乏维生素相关
维生素B族缺乏： 当小孩体内缺乏维生素B₁、B₂、B₆等时，容易引发口腔溃疡。比如维生素B₂参与体内生物氧化与能量代谢等过程，缺乏时就会影响黏膜的正常代谢，导致口腔溃疡长期不愈。维生素C缺乏： 维生素C具有抗氧化等多种功能，缺乏维生素C时，小孩机体的抵抗力会下降，也容易出现长期口腔溃疡的情况，因为维生素C能促进胶原蛋白的合成，维持黏膜的完整性。
口腔局部刺激因素
牙齿萌出： 小孩在牙齿萌出阶段，牙齿对口腔黏膜产生刺激，可能导致长期口腔溃疡。例如，正在长牙的小孩，牙齿萌出过程中摩擦到周围黏膜，就容易引发口腔溃疡，这种情况在4 - 6岁长牙的小孩中较为常见。口腔卫生不良： 如果小孩不注意口腔卫生，口腔内细菌滋生，也会导致长期口腔溃疡。比如小孩饭后不及时漱口，食物残渣残留，就会滋生细菌，刺激口腔黏膜引发溃疡且难以痊愈。
全身性疾病影响
免疫系统疾病： 像白塞病等免疫系统疾病，会导致小孩长期口腔溃疡。白塞病是一种慢性自身免疫性疾病，除了口腔溃疡外，还可能伴有眼部病变、生殖器溃疡等症状，而且口腔溃疡会反复发作，持续时间较长。内分泌失调： 小孩如果内分泌失调，也可能出现长期口腔溃疡。比如在青春期前的小孩，内分泌系统尚未完全稳定，可能会因为内分泌失调而导致口腔溃疡反复不愈。