小孩长期口腔溃疡可能由多种原因引起。一般来说，小孩长期口腔溃疡可能与营养缺乏有关，比如缺乏维生素B₂、维生素C等，据相关研究，约有30% - 50%的复发性口腔溃疡患儿存在维生素缺乏的情况。
营养缺乏因素
维生素缺乏： 当小孩体内缺乏维生素B₂时，会影响黏膜的正常代谢，容易引发口腔溃疡。像维生素C缺乏时，也会降低机体的抵抗力，增加口腔溃疡发生的几率。通常蔬菜和水果中富含维生素，如橙子、菠菜等，小孩若挑食、偏食，就容易出现这类维生素缺乏的情况。微量元素缺乏： 锌元素的缺乏也可能导致小孩长期口腔溃疡。锌参与人体多种酶的合成，对维持黏膜的完整性很重要。如果小孩饮食中锌摄入不足，就可能频繁长口腔溃疡。一般瘦肉、坚果等食物中锌含量较为丰富。
局部刺激因素
牙齿萌出： 小孩在牙齿萌出阶段，牙齿对口腔黏膜的刺激可能导致口腔溃疡。比如乳牙萌出时，部分小孩会出现牙龈部位的溃疡，这是因为牙齿萌出过程中对黏膜的摩擦等刺激引起的。不良口腔习惯： 有些小孩有咬唇、咬舌等不良口腔习惯，会反复刺激口腔黏膜，从而引发长期口腔溃疡。例如经常咬下唇，就可能导致下唇黏膜反复受损，出现溃疡。
全身性疾病因素
免疫系统疾病： 像白塞病，虽然在小孩中相对少见，但也可能导致长期口腔溃疡。白塞病是一种自身免疫性疾病，除了口腔溃疡外，还可能伴有眼部病变、生殖器溃疡等症状。消化道疾病： 患有消化道溃疡、胃炎等疾病的小孩，也容易出现长期口腔溃疡。因为消化道疾病会影响营养物质的吸收，进而导致机体抵抗力下降，引发口腔溃疡反复发生。比如患有胃溃疡的小孩，可能同时伴有口腔频繁长溃疡的情况。