肠息肉的发生是多种因素共同作用的结果。一般认为，大约有10% - 20%的肠息肉与遗传因素相关，比如家族性腺瘤性息肉病就具有明显的遗传倾向，是由基因突变导致的。
遗传因素方面
家族性腺瘤性息肉病：这是一种常染色体显性遗传性疾病，患者的基因突变会使肠道黏膜上皮细胞过度增生，从而大量形成腺瘤性息肉，通常在青少年时期就可能开始出现肠道息肉，若不及时干预，成年后发生肠癌的风险极高。错构瘤性息肉综合征：像幼年性息肉病综合征等也与遗传有关，患者肠道会出现错构瘤性息肉，这类息肉虽然大多为良性，但也存在一定的癌变风险，且有家族聚集现象。
炎症刺激因素
肠道慢性炎症：长期的肠道慢性炎症，比如溃疡性结肠炎、克罗恩病等。炎症会反复刺激肠道黏膜，使得黏膜上皮在修复过程中出现异常增生，进而形成息肉。例如，溃疡性结肠炎患者病程超过10年，发生肠息肉的几率会明显增加，有研究表明可达20%左右。感染因素：某些肠道病原体感染也可能引发肠息肉，比如幽门螺杆菌感染虽然主要与胃部疾病相关，但有研究发现其可能也与肠道息肉的发生存在一定关联，不过具体机制还在进一步研究中。
生活方式因素
饮食因素：长期高脂肪、低纤维的饮食是肠息肉发生的重要危险因素。高脂肪饮食会使胆汁酸分泌增多，胆汁酸在肠道内经过细菌分解后可能产生致癌物质，长期刺激肠道黏膜；而低纤维饮食会导致肠道蠕动减慢，粪便在肠道内停留时间延长，肠道黏膜与致癌物质接触时间增加，容易诱发息肉。例如，每天脂肪摄入量超过总热量的30%，肠息肉发生风险比正常饮食人群高出约1.5倍。吸烟与饮酒：吸烟会使肠道黏膜血管收缩，影响黏膜的血液循环和修复功能，增加息肉发生风险；过量饮酒会损伤肠道黏膜，破坏肠道菌群平衡，也会促进肠息肉的形成。有研究显示，长期吸烟的人群肠息肉发生率比不吸烟人群高20%左右，过量饮酒者肠息肉发生率较正常饮酒者高15%。