肠息肉的发生是多种因素共同作用的结果。一般认为，遗传因素可能起到一定作用，比如家族性腺瘤性息肉病就与特定基因的遗传突变有关，有家族遗传史的人群患肠息肉的风险相对较高。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 某些遗传性综合征会增加肠息肉的发病风险，像家族性腺瘤性息肉病，这是一种常染色体显性遗传性疾病，患者体内存在特定的基因突变，使得肠道容易长出大量腺瘤性息肉，而且发病年龄往往比较早，通常在青少年时期就可能出现相关症状。基因变异影响： 基因的变异会干扰肠道细胞的正常生长和分化调控机制，导致肠道黏膜上皮细胞异常增殖，从而形成息肉。
炎症刺激方面
肠道慢性炎症： 长期的肠道炎症，例如溃疡性结肠炎、克罗恩病等慢性肠道炎症性疾病，会持续刺激肠道黏膜，使得肠道黏膜反复发生损伤和修复过程。在这个过程中，肠道上皮细胞的增殖容易出现紊乱，进而增加肠息肉的发生几率。据研究，患有溃疡性结肠炎10年以上的患者，肠息肉的发生率明显高于正常人。感染因素引发炎症： 一些肠道的细菌、病毒等感染也可能引发肠道炎症，进而促进肠息肉形成。比如某些肠道病毒感染后，会引起肠道局部的免疫反应和炎症反应，长期刺激下可能导致息肉生成。
生活饮食习惯因素
饮食中缺乏膳食纤维： 长期饮食中膳食纤维摄入不足，会影响肠道的正常蠕动，使肠道废物排出减慢，肠道黏膜与致癌物质等有害物质接触时间延长，增加肠息肉的发生风险。一般建议成年人每天摄入25~30克膳食纤维，但很多人的实际摄入量远低于这个数值。高脂高蛋白饮食： 长期高脂高蛋白饮食会改变肠道内的环境，促使胆酸及中性固醇分泌增加，这些物质在肠道内可能转化为致癌物质，长期刺激肠道黏膜，容易引发肠息肉。例如经常大量食用油炸食品、红肉等富含高脂肪和高蛋白的食物的人群，肠息肉的发病几率相对较高。