甲状舌管囊肿主要通过手术治疗。一般确诊后建议尽早手术，通常儿童在1-2岁后可考虑手术，成人无手术禁忌也应手术。
手术治疗为主
手术时机： 确诊甲状舌管囊肿后，一般建议尽早手术，避免囊肿感染等情况。对于儿童，通常在1 - 2岁后身体状况能较好耐受手术时可考虑手术；成人若无手术禁忌证，也应积极手术治疗。手术方式： 手术需将囊肿及相连的舌骨中段一并切除。手术要完整切除囊肿，防止复发，因为甲状舌管囊肿是由胚胎时期甲状舌管退化不全形成的，残留的上皮可导致复发。
非手术治疗情况极少
特殊情况： 一般来说甲状舌管囊肿没有有效的非手术治疗方法。因为囊肿是先天性的组织结构异常，药物无法使囊肿消失。只有在囊肿发生感染等紧急情况时，可先使用抗生素控制感染，如青霉素类、头孢菌素类等抗生素，但这只是暂时控制感染，后续仍需手术切除囊肿。
术后注意事项
伤口护理： 术后要保持伤口清洁干燥，按照医生要求定期换药，观察伤口有无红肿、渗液等情况。一般术后7 - 10天拆线。复发观察： 患者要注意观察是否有复发迹象，如颈部再次出现肿块等。如果出现复发情况，可能需要再次手术治疗。同时，术后要注意休息，避免剧烈运动，影响伤口愈合。