甲状舌管囊肿主要通过手术治疗。一般确诊后建议尽早手术，通常儿童时期进行手术相对合适，年龄过小可能增加手术风险，年龄过大囊肿发生变化的概率增加。
手术治疗是主要方式
手术原理： 甲状舌管囊肿是胚胎发育过程中甲状舌管退化不全形成的，手术要完整切除囊肿及相连的甲状舌管，防止复发。手术需在全身麻醉下进行，医生会根据囊肿位置等设计合适切口。手术时机： 一般建议在患儿1 - 5岁左右进行手术较为适宜，此时患儿身体发育状况相对能较好耐受手术，且囊肿尚未发生严重病变，手术效果相对理想。
非手术治疗情况少
观察等待： 对于一些非常小且无症状的甲状舌管囊肿，在严密观察下如果没有明显变化，可以暂时不手术，但这种情况很少见。因为囊肿有逐渐增大的可能，增大后手术难度会增加，而且还可能出现感染等并发症。药物治疗： 单纯药物治疗对甲状舌管囊肿无效，囊肿不会因为吃药而消失，所以不依靠药物来治疗甲状舌管囊肿。
术后注意事项
伤口护理： 术后要保持伤口清洁干燥，按照医生要求定期换药，防止伤口感染。一般术后7 - 10天左右拆线。复发观察： 虽然手术切除了囊肿，但仍有一定复发概率，患者术后要定期复查，一般建议术后1个月、3个月、6个月等时间节点进行复查，观察局部是否有异常包块等复发迹象。如果出现伤口红肿、疼痛加重、局部又出现包块等情况，要及时就医。