月经来完干净了三天又有褐色东西，可能由多种原因引起。一般来说，这种情况可能有以下几方面情况。
生理性原因
排卵期出血：
原因： 在月经周期中，排卵时由于雌激素水平短暂下降，使子宫内膜失去激素的支持而出现部分子宫内膜脱落引起有规律性的阴道出血。表现：一般出血量较少，呈褐色，持续时间短，可能1 - 2天，最长不超过7天。比如部分女性在两次月经中间会出现这种情况。
残留经血排出：
原因： 月经刚结束时，宫腔内可能还有少量残留的经血，没有及时排出，经过阴道酸性环境作用后变成褐色，在活动后逐渐排出体外。表现：这种情况一般量比较少，没有其他不适症状，可能1 - 2天就会干净。
病理性原因
妇科炎症：
阴道炎： 如细菌性阴道炎、霉菌性阴道炎等，炎症刺激会导致阴道黏膜充血、少量出血，血液混合在白带中，呈现褐色。表现：可能还伴有阴道瘙痒、白带异味等症状。宫颈炎：宫颈受到炎症影响，宫颈黏膜充血，也可能出现少量出血，血液混合在分泌物中呈褐色。表现：可能有白带增多、性交后出血等情况。
内分泌失调：
原因： 长期熬夜、精神压力大等因素可能导致内分泌失调，使体内激素水平紊乱，影响子宫内膜的正常修复和脱落，从而出现月经干净后又有褐色分泌物的情况。表现：可能还伴有月经周期紊乱、经量异常等其他内分泌失调相关表现。
子宫肌瘤：
原因： 子宫肌瘤会影响子宫的收缩和内膜的正常修复，导致血管破裂出血。表现：除了月经干净后又有褐色东西外，还可能出现经量增多、经期延长、下腹坠胀等症状。如果肌瘤较大，还可能在下腹部摸到包块。如果出现月经来完干净了三天又有褐色东西的情况，首先要观察褐色分泌物的量、持续时间以及是否伴有其他不适症状。如果只是偶尔出现，量少，没有其他不适，可以先观察。但如果经常出现，或者伴有其他异常症状，如腹痛、阴道瘙痒、白带异常等，建议及时就医，进行妇科检查、B超等相关检查，以明确原因，并采取相应的治疗措施。