月经干净后三天又有褐色分泌物三四天就没了，可能由多种情况引起。比如排卵期出血，这是比较常见的原因，一般是在两次月经中间，由于雌激素水平短暂下降，使子宫内膜失去激素的支持而出现部分子宫内膜脱落引起有规律性的阴道出血，出血量少，有的仅为咖啡色分泌物，持续时间短，可伴有轻微的排卵痛和腰酸。
生理性原因及相关情况
排卵期出血：一般出血量较少，持续时间多在3~5天左右，有的可能短至1~2天，长至7~8天。这种情况通常是偶尔发生，不需要特殊处理，注意保持外阴清洁，避免剧烈运动即可。
病理性原因及相关情况
妇科炎症：子宫内膜炎：可由细菌等病原体感染引起，除了会出现月经干净后又有褐色分泌物的情况，还可能伴有下腹部疼痛、白带增多且有异味等症状。宫颈炎：病原体感染宫颈后，也可能导致阴道不规则出血，表现为月经间期或性交后少量出血，可为褐色分泌物。内分泌失调：长期的精神压力大、生活不规律等都可能引起内分泌失调，从而影响激素的正常分泌，导致月经紊乱，出现月经干净后又有褐色分泌物的情况。比如多囊卵巢综合征患者，除了有月经不调、褐色分泌物等表现，还可能伴有肥胖、多毛等症状。
其他可能因素
放置宫内节育器：部分女性放置宫内节育器后，可能会出现月经周期改变，表现为月经干净后又有少量褐色分泌物，一般在放置后的3~6个月内可能会逐渐适应。如果长时间不适应，可能需要考虑更换节育器或采取其他避孕措施。