小肚子憋肚子胀可能由多种原因引起。比如功能性消化不良时，约有20% - 40%的人会出现这种症状。
一、消化系统问题导致
1. 胃肠动力不足：
胃肠蠕动减慢会使食物在胃肠道内停留时间过长，从而引起小肚子憋胀。比如老年人胃肠功能相对较弱，胃肠蠕动速度比年轻人慢30%左右，就更容易出现这种情况。一些患有糖尿病的患者，由于自主神经病变，也会影响胃肠动力，导致肚子憋胀。
2. 肠道菌群失调：
正常肠道菌群对维持肠道正常功能很重要，当菌群失调时，比如长期使用抗生素后，有害菌增多，有益菌减少，就可能出现小肚子憋胀。有研究表明，长期使用广谱抗生素超过1周的人群，肠道菌群失调的发生率能达到60%以上。另外，饮食不规律、熬夜等也可能引发肠道菌群失调，出现肚子憋胀。
二、饮食因素导致
1. 进食易产气食物：
吃了太多像豆类、洋葱、碳酸饮料等易产气的食物，在肠道被细菌分解发酵后会产生大量气体，引起小肚子憋胀。比如一次性吃半斤以上的豆类，就可能导致肠道产气增加，出现肚子憋胀。
2. 进食过快：
吃饭速度太快，会吞咽较多空气，这些空气进入胃肠道后也会引起肚子憋胀。有调查发现，吃饭速度快的人比细嚼慢咽的人，餐后肚子憋胀的发生率高40%左右。
三、疾病因素导致
1. 妇科疾病：
女性盆腔炎、附件炎等妇科疾病也可能导致小肚子憋胀。盆腔炎患者中约有30% - 50%会出现下腹部坠胀、憋胀感，同时可能伴有白带增多、腹痛等症状。另外，子宫肌瘤较大时也可能压迫周围组织，引起小肚子憋胀。
2. 泌尿系统疾病：
膀胱炎、尿道炎等泌尿系统疾病也可能牵涉到小肚子，引起憋胀感。膀胱炎患者除了有尿频、尿急、尿痛外，部分人也会感觉小肚子憋胀，尤其是在膀胱充盈时更明显。