肾结石形成的主要原因与尿液中某些物质浓度过高、尿路梗阻等因素有关。一般来说，尿液中钙、草酸、尿酸等成分排出量增加，或者尿量过少，都容易促使肾结石形成。
尿液成分异常：
草酸摄入过多： 当人体摄入大量草酸含量高的食物时，比如菠菜，每100克菠菜中草酸含量较高，过多的草酸会在尿液中与钙结合形成草酸钙，增加肾结石形成风险。如果长期大量吃这类高草酸食物，就更易引发问题。尿酸排泄增多： 体内尿酸生成过多或者排泄减少时，尿酸浓度升高。像一些喜欢吃高嘌呤食物的人，如经常吃动物内脏，动物内脏中嘌呤含量较高，嘌呤代谢会产生尿酸，尿酸过多就容易形成尿酸结石。
尿量过少：
饮水不足： 正常情况下，人体每天需要摄入足够的水分来稀释尿液中的各种成分。如果每天饮水量少于1500毫升，尿液就会浓缩，使得尿液中各种矿物质和盐类的浓度相对升高，就容易析出形成结石。比如长期喝水少的人，患肾结石的几率会比饮水充足的人高很多。疾病导致尿量减少： 某些疾病会影响尿量，如肾功能不全患者，肾脏的滤过功能受到影响，尿量会减少，进而增加肾结石形成的可能性。
尿路梗阻：
先天性尿路畸形： 比如肾盂输尿管连接处狭窄，这是一种先天性的结构异常，会导致尿液排出不畅，使得尿液在局部积聚，久而久之就容易形成结石。这种先天性的尿路畸形在一些婴儿或儿童中可能存在。泌尿系统结石本身引起梗阻： 如果已经有小的肾结石存在，它可能会在尿路中移动，当卡在输尿管等部位时，就会造成尿路梗阻，尿液排出受阻，梗阻部位以上的尿液积聚，促使结石进一步形成或加重。