肾结石形成的主要原因与多种因素相关。一般来说，尿液中某些物质浓度过高是关键，比如当尿液中钙、草酸、尿酸等成分浓度超出正常范围，就容易形成结石。
尿液成分异常：
钙含量过高： 人体摄入过多含钙食物，像牛奶、豆制品等，或者身体对钙的代谢出现问题，都可能使尿液中钙的浓度升高。当钙浓度超过尿液的溶解限度，就容易析出形成草酸钙结石等。草酸过多： 很多蔬菜中草酸含量较高，比如菠菜，若大量食用后没有充分代谢，就会导致尿液中草酸含量增加，进而促进肾结石形成。还有一些人自身代谢异常，也会使体内草酸产生过多。
尿路梗阻因素：
先天尿路畸形： 有些人出生时就存在输尿管狭窄等先天尿路畸形情况，这会阻碍尿液正常流动，使得尿液中的结晶物质容易在局部堆积，逐渐形成结石。泌尿系统疾病： 患有前列腺增生等泌尿系统疾病时，会影响尿液的排出，导致尿液在尿路中停留时间过长，从而增加肾结石形成的风险。
水分摄入不足：
饮水量不足影响： 当人体每天饮水量少于1500毫升时，尿液会浓缩，尿液中各种溶质的浓度相对升高，就更容易析出形成结石。比如长期从事高温作业或者运动量较大但饮水少的人，就比较容易长肾结石。汗液流失与结石： 在炎热天气下大量出汗，如果没有及时补充水分，尿液会进一步浓缩，大大增加肾结石形成几率。
代谢性疾病影响：
尿酸代谢异常： 患有痛风等疾病的人，体内尿酸代谢紊乱，尿酸排出增多，若尿酸不能及时排出体外，就会在肾脏等部位沉积形成尿酸结石。甲状旁腺功能亢进： 甲状旁腺功能亢进会使体内甲状旁腺激素分泌过多，导致血钙升高，进而使尿液中钙含量增加，容易引发肾结石。