腺肌症的药物治疗需根据患者具体情况选择，常用的药物有非甾体抗炎药等，但并没有绝对“最好”的药。一般来说，非甾体抗炎药如布洛芬等，可缓解腺肌症引起的痛经等症状，不过约有10% - 30%的患者使用后效果不佳。
缓解疼痛类药物
非甾体抗炎药：像布洛芬缓释胶囊，能通过抑制环氧化酶的活性，减少前列腺素合成，从而减轻子宫平滑肌收缩引起的疼痛，一般服用后1 - 2小时起效，可缓解腺肌症导致的痛经等疼痛症状，但部分人可能会出现胃肠道不适等不良反应。萘普生：也是常用的非甾体抗炎药，同样通过抑制前列腺素合成发挥作用，对腺肌症引起的疼痛有一定缓解作用，不过有消化道溃疡病史的患者要慎用，因为可能会加重溃疡病情。
调节激素类药物
孕三烯酮：它能拮抗孕激素和雌激素的作用，使异位的子宫内膜萎缩，从而缓解腺肌症相关症状。一般需要连续服用3 - 6个月，但可能会出现体重增加、痤疮、潮热等不良反应。达那唑：可抑制垂体促性腺激素的合成和释放，直接影响卵巢甾体激素的合成，使子宫内膜萎缩，导致患者短暂闭经。不过长期使用达那唑可能会引起肝功能损害等问题，所以用药期间需要定期监测肝功能。
控制症状辅助类药物
GnRH-a类药物：如亮丙瑞林等，通过抑制垂体分泌促性腺激素，降低雌激素水平，造成假绝经状态，使异位的子宫内膜萎缩，从而缓解腺肌症引起的经量过多、痛经等症状。一般每28天皮下注射一次，连续使用3 - 6个月。但长期使用这类药物会导致骨质丢失，所以对于需要长期用药的患者，可考虑同时补充钙剂等预防骨质疏松。