早上起床口苦口臭可能由多种原因引起。一般来说，大约有30% - 50%的口苦口臭与口腔局部因素有关，而其余部分可能与全身因素相关。
口腔局部因素导致
口腔卫生不佳： 如果睡前没有好好刷牙漱口，口腔里就会残留食物残渣，经过一晚上的细菌发酵，就容易产生异味，导致口苦口臭。比如，有人晚上吃了很多东西，没有及时清洁口腔，第二天早上就会感觉口苦口臭明显。牙齿问题： 龋齿（蛀牙）、牙龈炎、牙周炎等牙齿疾病也会引起口苦口臭。像龋齿里面容易嵌塞食物，时间长了就会腐烂发臭；牙龈炎和牙周炎会有炎症，导致牙龈出血、红肿，滋生细菌，从而产生异味。例如，有牙周炎的人，口腔中细菌数量较多，早上起床口苦口臭的情况往往比较严重。
胃肠道因素导致
消化不良： 晚上吃得过多、过快，或者胃肠蠕动功能减弱，就容易出现消化不良。食物在胃肠道内停留时间过长，发酵产生异味，可能会向上反流，引起口苦口臭。比如，晚餐吃了大量油腻食物，而且饭后马上睡觉，就容易发生消化不良，导致早上起床口苦口臭。幽门螺杆菌感染： 感染幽门螺杆菌的人也较容易出现口苦口臭的情况。幽门螺杆菌会在胃内定植，产生一些有害物质，影响胃肠道的正常功能，进而导致口腔异味。据研究，感染幽门螺杆菌的人群中，有相当一部分人早上起床会有口苦口臭的现象。
其他全身因素导致
呼吸系统疾病： 像鼻窦炎、咽喉炎等呼吸系统疾病也可能引发口苦口臭。例如，鼻窦炎患者鼻腔内分泌物倒流到口腔，会导致口腔有异味；咽喉炎患者咽喉部位有炎症，也会出现口苦口臭的情况。内分泌紊乱： 一些内分泌紊乱的情况也可能导致早上起床口苦口臭。比如，糖尿病患者血糖控制不佳时，可能会出现酮症酸中毒，从而引起口腔有烂苹果味的口苦口臭；甲状腺功能亢进的人，由于代谢加快，也可能出现口苦口臭的症状。