灰趾甲治疗可通过药物、手术等方法，一般外用药物疗程较长，口服抗真菌药需坚持数月。
外用药物治疗
局部涂抹类：常用的有阿莫罗芬搽剂，它能渗透进甲板发挥抗真菌作用，每周使用1 - 2次即可，但需要连续使用数月，一般需要坚持3 - 6个月甚至更久才能看到较好效果。复方制剂类：像环吡酮胺软膏等，可抑制真菌细胞膜的合成，从而起到抗真菌效果，使用时要均匀涂抹在病甲及周围皮肤，坚持用药才能有改善。
口服抗真菌药物治疗
伊曲康唑：采用冲击疗法，即每月服用1周，连续服用3 - 6个月。它能干扰真菌细胞色素P450的活性，抑制真菌细胞膜合成。不过服用前需要检查肝功能，因为可能会对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要谨慎使用。特比萘芬：一般每天服用一次，连续服用3个月左右。它能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成过程。同样，服用前也需要关注肝功能情况，孕妇和哺乳期女性要避免使用。
手术治疗
拔甲术：适用于单发的灰趾甲。医生会将病甲拔除，不过术后恢复需要一定时间，大约需要1 - 3个月，而且术后要配合抗真菌药物治疗，防止新长出来的指甲再次被感染。激光治疗：利用特定波长的激光破坏真菌细胞结构来达到治疗目的，一般需要多次治疗，每次治疗间隔几周，可能需要2 - 3次治疗才能看到明显效果，不过激光治疗费用相对较高。
日常护理要点
保持足部干燥：灰趾甲患者要经常换袜子，鞋子也要选择透气性好的，每天尽量让脚部保持干燥，因为潮湿环境容易滋生真菌，一般每天至少换一次袜子，鞋子可以在阳光下晾晒来杀菌。避免交叉感染：不要和他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止将真菌传染给别人，家里其他人的脚部用品也要单独放置，减少被感染的风险。