三个月宝宝喉咙有痰呼噜响，可能是正常的生理现象，也可能是疾病引起的。以下是一些可能的治疗方法：
1.调整体位：将宝宝竖着抱起或侧卧，有助于痰液排出。
2.拍背：空心掌轻轻拍打宝宝的背部，由下往上，促进痰液松动。
3.补充水分：适当增加宝宝的水分摄入，有助于稀释痰液。
4.保持空气湿润：使用加湿器增加空气湿度，有助于缓解喉咙不适。
5.观察宝宝的情况：如果宝宝呼吸平稳，精神状态良好，食欲正常，可以先观察一段时间。
6.就医：如果宝宝喉咙呼噜响的情况持续时间较长，或伴有咳嗽、发热、呼吸急促等症状，应及时就医。医生可能会根据具体情况进行诊断，并给予相应的治疗，如药物治疗、雾化治疗等。
需要注意的是，不要自行给宝宝使用药物，尤其是抗生素。因为喉咙有痰呼噜响可能是由多种原因引起的，需要根据具体情况进行治疗。同时，如果宝宝有其他异常情况，应及时告知医生。