月经过后出现肚子疼且有褐色分泌物的情况，一般认为是月经还未结束，通常无需特殊处理，但若还有其他不适症状，则可能是其他因素所致，如妇科炎症等，需及时就医治疗。
一、月经未结束：女性月经周期通常平均约为28天，经期一般平均在4-6天左右。若月经尚未结束，此时子宫内膜脱落不完全，就可能依然有肚子疼以及褐色分泌物的现象。对此可暂时进行观察，同时注意局部清洁，也可适当对腹部进行热敷来缓解不适。
二、妇科炎症：
1.子宫内膜炎：因子宫内膜受到病原体感染而引发炎症，可呈现出月经异常，即在月经干净后仍有褐色分泌物，还伴有肚子疼，这种疼痛呈持续性，同时有异常阴道分泌物、高热、寒战、头痛等不适症状。治疗需依据药物敏感试验来选择有针对性的抗生素，如头孢克肟、甲硝唑、克林霉素、四环素等。若病情严重形成宫腔积脓，还需通过手术方式进行脓液引流。
2.其他：如子宫内膜息肉，主要是由于雌激素水平过高，致使子宫内膜过度生长而形成较大息肉，当继发感染时会出现异常子宫出血，表现为有褐色分泌物且有异味，同时伴有肚子疼。临床上通常需通过手术方式切除来达到解除症状的目的。
总之，月经过后出现肚子疼和褐色分泌物的原因多样，需要根据具体情况进行分析和处理。如果症状持续不缓解或伴有其他严重不适，应及时就医，以便明确诊断并采取合适的治疗措施。