灰指甲的治疗药物主要有外用抗真菌药和口服抗真菌药。一般来说，外用药物治疗周期较长，口服药物见效相对快些，但需要注意药物的安全性等问题。
外用抗真菌药
阿莫罗芬搽剂：
它是局部外用的抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，发挥抗真菌作用。每周使用1 - 2次即可，使用方便，但对于较严重的灰指甲，单独使用可能效果有限，一般需要坚持使用几个月。不过，对阿莫罗芬过敏的人不能使用。
环吡酮胺乳膏：
属于广谱抗真菌药物，能渗透进入真菌细胞，影响其代谢过程。可直接涂抹在病甲及周围皮肤，一天使用1 - 2次。但使用时要注意，如果皮肤有破损、溃烂等情况，使用时要谨慎，避免刺激伤口。
口服抗真菌药
伊曲康唑：
是一种合成的三氮唑类抗真菌药，它可以抑制真菌细胞色素P450酶系统，从而干扰真菌麦角固醇的合成。采用冲击疗法，即服用一周，停药三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。不过，有严重肝脏疾病的患者禁用，使用前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响。
特比萘芬：
是一种烯丙胺类抗真菌药物，能选择性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜麦角鲨烯的合成，发挥抗真菌作用。一般每天服用一次，连续服用几周，具体时间根据病情而定。但孕妇和哺乳期妇女要慎用，有严重肾功能不全的患者也要谨慎使用。
辅助治疗相关
病甲处理：
在使用药物治疗前，往往需要先对病甲进行处理。比如可以用小刀或指甲锉尽量去除病甲，这样能让药物更好地接触病甲及周围皮肤，提高治疗效果。不过，自己处理病甲时要注意工具的清洁，避免造成感染扩散。
日常护理：
保持足部或手部的清洁干燥非常重要。穿透气性好的鞋子和袜子，勤换鞋袜。避免与他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止交叉感染。同时，要注意增强自身免疫力，合理饮食，适当运动等，这有助于灰指甲的治疗和预防复发。