治疗灰指甲的药物主要有外用药物和口服药物。一般来说，外用药物疗程较长，口服药物见效相对快些，但需注意药物的适用情况等。
外用抗真菌药物
阿莫罗芬搽剂：它是一种局部外用的抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥作用。每周使用1 - 2次即可，一般需要连续使用几个月，才能看到较好的效果。不过，它对于比较严重的灰指甲，单独使用可能效果有限。环吡酮胺乳膏：能够改变真菌细胞膜的完整性，从而影响真菌的代谢。使用时要涂抹在患病的指甲周围及指甲上，坚持使用一段时间，对轻度的灰指甲有一定的治疗作用，但对于增厚严重的指甲，渗透可能不太理想。
口服抗真菌药物
伊曲康唑：它是一种合成的三氮唑衍生物，具有广谱抗真菌作用。采用冲击疗法，即吃一周停三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。不过，使用前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要慎用。特比萘芬：是一种烯丙胺类抗真菌药物，能选择性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成过程中的角鲨烯环氧化反应，从而发挥抗真菌作用。一般连续服用几个月，具体疗程需根据指甲生长情况来定。同样，服用前也需要关注肝功能，孕妇和哺乳期女性要避免使用。
联合治疗情况
有时候会采用外用和口服药物联合治疗的方式。比如外用药物先软化增厚的指甲，然后配合口服药物，这样可以提高治疗效果。但在联合使用时，要注意药物之间的相互作用以及对身体的影响，必须在医生的指导下进行，医生会根据患者灰指甲的严重程度、身体状况等综合判断治疗方案。同时，在治疗过程中要定期复查，观察治疗效果和药物的不良反应等情况。