扁平疣由HPV感染引起，脚上长扁平疣可选择外用药物、口服药物、物理治疗、手术治疗等方法。
一、外用药物：
1.角质剥脱剂、细胞毒药物、局部免疫调节药等是常用的，如维A酸软膏、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏等。
2.干扰素凝胶，这是一种广谱抗病毒药物，能抑制病毒复制并增强细胞免疫，进而取得较好疗效。使用这些药物务必严格遵循医嘱，不可擅自用药。
二、口服药物：
可遵医嘱服用免疫调节剂来改善病情，像西咪替丁片、盐酸左旋咪唑片等药物。
三、物理治疗：
通常可选用激光、冷冻、电灼、刮除等方式，通过使皮损组织坏死、脱落来去除疣体。
四、手术治疗：
主要是采用手术将自体疣植入皮下脂肪层，可刺激机体释放细胞因子，从而产生抗病毒抗体，能降低复发几率。
总之，对于脚上长扁平疣的治疗，有多种方法可供选择，可根据具体情况合理运用。