肛瘘主要的症状有肛周流脓，一般来说，肛瘘患者会发现肛周有一个或多个外口，间断性或持续性有脓性、血性分泌物排出，尤其在急性感染时，流脓会增多，有时脓液会刺激肛周皮肤，引起瘙痒不适。
肛周疼痛情况
疼痛特点： 当肛瘘内口感染，炎症刺激时，会出现疼痛。一般单纯性肛瘘疼痛相对较轻，而复杂性肛瘘疼痛可能较明显。如果肛瘘外口暂时封闭，脓液积聚，会导致局部肿胀疼痛，当脓液流出后，疼痛可暂时缓解。不同时期表现： 在肛瘘急性发炎期，疼痛会比较剧烈，呈持续性胀痛或跳痛；而慢性期时，疼痛相对不那么明显，可能仅表现为隐痛。
瘙痒症状
原因分析： 由于肛瘘外口不断有分泌物排出，这些分泌物会刺激肛周皮肤，引起瘙痒。患者会感觉肛周皮肤瘙痒难忍，经常搔抓，可能会导致肛周皮肤破损、湿疹样改变等。长期的瘙痒还可能影响患者的生活质量，导致睡眠不佳等情况。而且因为搔抓，还可能进一步加重皮肤的损伤，增加感染的风险。