短肠综合征通常是因肠道被大量切除导致的。比如，因肠道疾病进行手术时，切除了超过50%的小肠，就有可能引发短肠综合征。一般来说，小肠切除长度超过70%时，短肠综合征发生的风险会明显增高。
一、先天性因素导致
先天性短肠： 部分婴儿可能存在先天性肠道发育异常，导致肠道长度较正常明显缩短，从而引发短肠综合征。这种情况较为罕见，但属于先天性的病因之一。肠旋转不良相关： 胎儿在发育过程中出现肠旋转不良，可能影响肠道的正常解剖结构和血运，进而导致后续肠道功能出现问题，增加短肠综合征的发生风险。
二、后天性疾病或手术导致
肠道疾病手术切除： 像克罗恩病、肠扭转、肠系膜血管栓塞等肠道疾病，为了治疗疾病往往需要切除部分肠道。例如，因克罗恩病反复肠道炎症、狭窄，多次手术切除肠道后，就容易引发短肠综合征。一般来说，因疾病进行肠道切除手术时，切除长度超过一定限度就可能出现相关症状。外伤导致肠道切除： 腹部严重外伤，如车祸导致肠道破裂等，为挽救生命可能需要切除部分肠道，从而引发短肠综合征。这种情况相对较为突然，往往是在紧急的外伤救治过程中面临肠道切除的情况。
三、其他少见原因
放射性肠炎： 腹部恶性肿瘤进行放射治疗时，可能损伤肠道组织，导致肠道黏膜受损、肠道功能逐渐减退，长期可引发短肠综合征。不过这种情况相对较少见，一般是在放射治疗后数年逐渐出现相关症状。感染性肠道疾病： 某些特殊的感染性肠道疾病，严重时也可能导致肠道广泛损伤、切除，进而引发短肠综合征。但这类情况发生的概率相对较低。