卵巢囊肿主要分为生理性囊肿和病理性囊肿。
一、生理性囊肿：它是伴随月经周期而出现的，本身并不会影响月经，相反，它是月经周期整个过程中可能出现的一种表现。所以生理性囊肿肯定不会对月经造成影响。
二、病理性囊肿：
1.绝大多数病理性囊肿一般也不影响月经，但一些特殊的尤其是较大的囊肿可能会影响月经。因为较大囊肿可能改变卵巢结构，压迫卵巢实质，进而影响卵巢功能、排卵以及月经。
(1)巧克力囊肿是影响月经的常见病理性囊肿之一，属于子宫内膜异位症的一种，具有多发和复发特点，容易分布在卵巢中破坏卵巢结构、影响卵巢功能从而影响月经。
(2)良性肿瘤较大时也可能影响月经。
(3)卵巢恶性肿瘤对月经的影响通常较为明显。
(4)在卵巢肿瘤中，性索间质肿瘤对月经的影响往往比较突出，因为这类肿瘤通常具有内分泌功能，会影响性激素状况，进而影响月经。
总之，生理性囊肿不会影响月经，病理性囊肿多数情况下也不影响月经，但部分特殊或较大的病理性囊肿可能对月经产生影响，如巧克力囊肿、较大的良性肿瘤、恶性肿瘤以及性索间质肿瘤等。