卵巢囊肿与卵巢巧克力囊肿的区别主要在于以下几个方面：
1.形成原因：
卵巢囊肿：是指卵巢内有囊性的肿物形成，可分为生理性和病理性。生理性囊肿通常会在月经结束后自行消失，而病理性囊肿则可能是由于卵巢炎症、内分泌失调、遗传等因素引起。
卵巢巧克力囊肿：是子宫内膜异位症的一种病变，正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。
2.症状：
卵巢囊肿：大多数卵巢囊肿患者无明显症状，多在体检时偶然发现。当囊肿较大时，可能会出现腹胀、腹痛、尿频、尿急等症状。
卵巢巧克力囊肿：患者可有痛经、性交痛、月经失调等症状。当囊肿破裂时，还可能出现急性腹痛。
3.治疗方法：
卵巢囊肿：生理性囊肿一般无需治疗，可自行消失。病理性囊肿的治疗方法包括手术治疗、药物治疗等。具体治疗方法应根据囊肿的大小、性质、患者的年龄等因素综合考虑。
卵巢巧克力囊肿：治疗方法主要有手术治疗和药物治疗。手术治疗包括保守性手术和根治性手术，药物治疗主要是使用孕激素等药物抑制卵巢功能，缓解症状。
4.预后：
卵巢囊肿：大多数卵巢囊肿为良性病变，预后较好。生理性囊肿通常会自行消失，病理性囊肿经过治疗后也可缓解症状。但如果囊肿复发或恶变，可能会影响预后。
卵巢巧克力囊肿：卵巢巧克力囊肿容易复发，且随着病情进展，可能会导致卵巢功能减退，影响生育。此外，卵巢巧克力囊肿还可能恶变，威胁患者的生命健康。
需要注意的是，卵巢囊肿和卵巢巧克力囊肿的区别并不是绝对的，有时需要通过病理检查才能明确诊断。此外，无论是卵巢囊肿还是卵巢巧克力囊肿，都应定期进行复查，以便及时发现病情变化，采取相应的治疗措施。