男人肾有囊肿的危害大小需根据囊肿大小来判断。
一、囊肿体积偏小：一般不会有明显临床症状。肾脏有囊肿的发生几率较小，其成因可能与肾功能不全、先天性或遗传因素有关。如果是先天性遗传且囊肿体积小、数量少，又无明显临床症状，这种情况下可选择暂时观察，对人体危害不大。
1.成因可能包括肾功能不全。
2.可能源于先天性或遗传因素。
二、囊肿体积偏大且数量多：可能为多囊肾，情况较为严重，需及时采取手术切除，否则会导致患者肾功能受损、囊肿破裂等不良后果。
1.可能是多囊肾。
2.危害如导致肾功能损失和囊肿破裂等。
当查出患有肾囊肿疾病后，应及时到正规医疗机构做全面检查以观察个人病情，以便医生对疾病进一步评估。
总结：男人肾有囊肿的危害因囊肿大小而异，小囊肿危害较小可暂观察，大且多的囊肿可能为多囊肾危害较大需手术，查出肾囊肿后要全面检查利于医生评估病情。