龟头上起两个透明水泡，可能是多种原因引起的，以下是一些可能的原因和治疗方法：
1.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒感染引起，主要通过性接触传播。表现为龟头、冠状沟或尿道口出现水疱、溃疡，伴有疼痛、瘙痒等症状。治疗方法包括抗病毒药物（如阿昔洛韦、伐昔洛韦等）、局部止痛药物（如利多卡因凝胶）等。此外，注意个人卫生，避免不洁性行为，有助于预防复发。
2.龟头炎：可由细菌、真菌、滴虫等感染引起，也可能与局部刺激、过敏等因素有关。龟头炎可表现为龟头红斑、水疱、糜烂等。治疗方法根据病因不同而异，如细菌感染可使用抗生素（如红霉素软膏），真菌感染可使用抗真菌药物（如克霉唑乳膏），过敏引起的可使用抗过敏药物（如氯雷他定）。同时，保持龟头清洁干燥，避免刺激也是重要的治疗措施。
3.其他原因：龟头起水泡还可能与包皮过长、包茎、过度摩擦等因素有关。对于这些情况，可能需要进行包皮环切术等治疗。
需要注意的是，以上只是一些常见的原因和治疗方法，具体情况可能因人而异。如果出现龟头上起水泡的症状，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以便确定病因，并采取相应的治疗措施。此外，在治疗过程中，应注意个人卫生，避免搔抓和摩擦，避免食用辛辣刺激性食物，同时应避免性生活，以免传染给他人或加重病情。