药流后多数女性仍可正常怀孕，但也有一定概率影响，据统计约5% - 10%的女性可能因药流出现一些问题影响后续受孕。
药流对子宫的影响
子宫内膜损伤风险： 药物流产是通过药物使子宫收缩排出孕囊，这个过程可能会对子宫内膜造成一定损伤。如果子宫内膜损伤严重，可能影响受精卵着床，从而对以后怀孕产生影响。一般来说，药流后子宫内膜需要一定时间修复，正常情况下1 - 2个月可基本恢复，但如果损伤较严重，恢复时间会延长。感染引发的输卵管问题： 药流后如果发生感染，比如引起子宫内膜炎、输卵管炎等，就可能导致输卵管粘连、堵塞。输卵管是输送卵子和受精卵的通道，一旦堵塞，精子和卵子无法相遇结合，就会造成不孕。有研究表明，药流后发生感染的女性中，约15%会出现输卵管问题影响怀孕。
药流次数的影响
多次药流风险递增： 随着药流次数的增加，对以后怀孕的影响几率也会增大。做过一次药流的女性，后续怀孕受影响的概率相对低一些；但进行过两次及以上药流的女性，出现不孕、宫外孕等情况的风险会明显升高。因为多次药流会不断刺激子宫，使子宫环境变差，子宫内膜更难维持正常的妊娠状态。
个体差异的影响
自身身体状况： 不同女性自身身体状况不同，对药流的耐受和恢复情况也不一样。本身身体素质较好、子宫恢复能力强的女性，药流后对以后怀孕的影响相对较小；而本身有基础疾病，比如患有盆腔炎等妇科疾病的女性，药流后就更容易出现影响怀孕的情况。内分泌因素： 药流可能会影响女性的内分泌系统，导致内分泌紊乱。内分泌紊乱会干扰正常的排卵周期和激素水平，进而影响怀孕。有的女性药流后会出现月经不调等情况，这往往就是内分泌受到影响的表现，而月经不调等问题可能会间接影响受孕几率。