川崎病的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与多种因素有关。目前认为川崎病可能是在遗传易感性基础上，由感染等多种因素触发的免疫异常反应所引起。
感染因素相关
病毒感染： 有研究提示，多种病毒可能与川崎病的发生有关，比如逆转录病毒、柯萨奇病毒等。不过具体哪种病毒确切关联还在进一步研究中，但已经发现这些病毒可能通过引发机体免疫反应，进而导致川崎病相关的血管炎症等病理改变。细菌感染： 部分研究推测细菌感染也可能参与川崎病的发病过程，像链球菌等细菌感染后，可能会作为抗原物质，激活机体免疫系统，使得免疫系统错误地攻击自身血管等组织，引发类似川崎病的血管炎性病变。
免疫因素相关
免疫系统异常激活： 川崎病患者体内会出现免疫系统过度激活的情况。例如，机体的T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞会被异常激活，产生大量细胞因子和炎症介质，这些物质会导致血管内皮细胞损伤，引起血管炎症反应，表现为冠状动脉扩张等川崎病的典型病理表现。免疫复合物形成： 在免疫异常的过程中，还可能形成免疫复合物，这些免疫复合物沉积在血管壁等部位，进一步加重血管的炎症损伤，促进川崎病病情的发展，导致血管炎持续存在并可能对心血管系统等造成长期影响。
遗传因素相关
遗传易感性： 研究发现川崎病具有一定的遗传易感性。有家族聚集现象的存在，也就是说如果家族中有亲属患过川崎病，那么其他家庭成员患川崎病的风险可能会相对增高。不过具体是哪些基因参与了这种遗传易感性还在深入研究中，目前已经发现一些与免疫调节等相关的基因可能与川崎病的遗传易感性有关联。