川崎病的具体病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与多种因素有关。目前认为川崎病可能是在某些遗传易感性基础上，由感染等因素触发机体的异常免疫反应所导致。
感染因素相关
病毒感染： 有研究提示，多种病毒可能与川崎病的发生有关，比如逆转录病毒、柯萨奇病毒等。不过具体是如何通过病毒感染引发川崎病的机制还在进一步探索中，病毒可能通过刺激机体免疫系统，导致免疫系统异常活化，从而引发血管炎症等一系列病理改变。细菌感染： 部分研究发现，某些细菌感染也可能与川崎病的发病存在关联，像链球菌等细菌感染后，可能会诱发机体的免疫反应紊乱，进而增加患川崎病的风险，但具体的细菌感染诱发川崎病的详细机制还不十分清楚。
免疫因素相关
免疫系统异常活化： 在川崎病患者体内，免疫系统会出现过度活化的情况。例如，T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞会异常活跃，产生大量的细胞因子和炎症介质，这些物质会导致血管内皮细胞受损，引起血管炎症反应，进而出现川崎病所特有的全身小血管炎等病理表现。自身抗体参与： 有研究发现，川崎病患者体内可能存在一些自身抗体，这些自身抗体可能会攻击自身的血管组织，加重血管炎症，促使川崎病病情的发展。不过关于自身抗体具体的产生机制以及在川崎病发病中的确切作用还需要更深入的研究来阐明。
遗传因素相关
遗传易感性： 川崎病具有一定的遗传易感性，也就是说某些特定的基因变异可能会使个体更容易患上川崎病。比如一些与免疫调节相关的基因发生突变或多态性改变时，会影响机体的免疫功能，使得机体在面对外界刺激时更容易出现异常的免疫反应，从而增加患川崎病的几率。但目前已经发现的相关遗传因素还只是初步的研究成果，具体的遗传模式和相关基因还需要大量的研究来明确。