肛漏主要通过手术治疗，一般来说，低位单纯性肛漏手术相对简单，恢复较快，而高位复杂肛漏手术难度较大，恢复时间可能较长。
手术治疗方式
挂线疗法：适用于低位或高位单纯性肛漏。利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。通常10 - 14天能切开瘘管，对肛门括约肌损伤小，不会引起肛门失禁。肛瘘切开术：用于低位肛漏。直接将瘘管全部切开，靠肉芽组织生长使伤口愈合。术后需每天换药，防止假性愈合。肛瘘切除术：适用于低位单纯性肛漏。将瘘管及其周围瘢痕组织全部切除，创面直接缝合。但创面较大时可能需要植皮。
非手术治疗情况
药物辅助：急性发作期可使用抗生素控制感染，如头孢类抗生素，但药物只能暂时缓解症状，不能根治肛漏。一般是在手术前后辅助使用，短期应用，通常不超过2周。坐浴：可用1：5000高锰酸钾溶液坐浴，每天1 - 2次，每次15 - 20分钟，能清洁肛门，促进局部血液循环，缓解症状，但不能治愈肛漏。
术后护理要点
饮食：术后应进食易消化、富含营养的食物，如米粥、面条、瘦肉等，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，以防便秘或腹泻影响伤口愈合。一般术后1 - 2天可进半流食，之后逐渐恢复正常饮食。伤口护理：要保持伤口清洁，按时换药。医生会根据伤口情况进行换药，通常术后2 - 3天开始第一次换药，之后根据愈合情况调整换药频率。注意观察伤口有无渗血、渗液、红肿等情况，若发现异常及时告知医生。休息与活动：术后要适当休息，避免剧烈运动，但也不宜长时间卧床，可适当进行散步等轻体力活动，促进血液循环，利于伤口愈合。一般术后1周左右可恢复轻体力工作，但重体力劳动需等伤口完全愈合后。