肛漏主要通过手术治疗，手术方式多样，一般来说，单纯性肛漏手术复发率相对较低，约在5%左右，复杂性肛漏复发率稍高，可能在10% - 20%。
手术治疗方式
瘘管切开术：适用于低位肛漏，将瘘管全部切开，靠肉芽组织生长使伤口愈合。这种手术操作相对简单，对肛门功能影响较小。挂线疗法：常用于高位肛漏，利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。挂线过程中不会造成肛门失禁，因为橡皮筋缓慢切割，同时周围组织有代偿性增生，能保护肛门功能。一般需要10 - 14天能切开肛瘘。肛瘘切除术：适用于低位单纯性肛瘘，直接切除全部瘘管及周围的瘢痕组织，创面一期缝合。但对于复杂肛瘘不适合，因为可能导致肛门失禁等问题。
非手术治疗情况
药物辅助：在手术前后可能会使用抗生素来预防或控制感染，比如头孢类抗生素，但药物治疗不能彻底治愈肛漏，只能起到辅助作用。一般在手术前会预防性使用1 - 2天抗生素，术后根据创面情况可能会使用3 - 5天。坐浴：可以用1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天1 - 2次，每次15 - 20分钟，能清洁肛门局部，促进血液循环，减轻炎症，但不能替代手术治疗。
术后护理要点
创面清洁：术后要保持肛门局部清洁，每次排便后都要用温水清洗肛门，避免粪便残留引起感染。可以使用复方黄柏液等中药洗剂坐浴，促进创面愈合。饮食调整：术后应进食易消化、富含纤维素的食物，如蔬菜、水果等，保持大便通畅，避免便秘或腹泻。一般建议每天摄入蔬菜500克左右，水果200 - 300克，防止大便干结摩擦创面。休息与活动：术后要注意休息，避免剧烈运动，但也需要适当活动，促进血液循环。一般术后24小时就可以适当下床活动，逐步增加活动量。