胆管结石的治疗方法需根据病情而定，对于无症状的胆管结石，可定期观察，每3~6个月复查超声等；而有症状或并发症的胆管结石多需手术治疗。
手术治疗方式
腹腔镜胆管探查取石术：这是比较常用的微创手术方式，创伤相对较小，术后恢复较快。一般来说，术后住院时间大概在5~7天左右。通过腹腔镜进入胆管内，取出结石。开腹胆管探查取石术：适用于病情较为复杂、腹腔镜手术难以完成的情况。手术创伤较大，术后恢复时间相对较长，可能需要10~14天甚至更久才能基本恢复。
内镜治疗方法
内镜逆行胰胆管造影（ERCP）取石术：通过口腔、食管、胃到达十二指肠，找到胆管开口，插入导管至胆管内，利用取石网篮等工具取出结石。这种方法对于适合的患者来说，是一种非手术的有效治疗手段，术后观察1~2天若无异常即可出院。
药物辅助治疗
熊去氧胆酸：可以促进胆汁分泌，增加胆汁中胆固醇的溶解度，有助于小的胆管结石溶解。但一般需要连续服用3~6个月甚至更长时间，而且并不是所有胆管结石都能通过它溶解，对于较大的结石效果不佳。不过在一些轻中度胆管结石患者的辅助治疗中会用到。抗生素：当胆管结石引起胆管炎等感染情况时，会使用抗生素来控制感染。常用的有头孢菌素类等抗生素，根据感染的严重程度，用药时间一般为3~14天不等。但抗生素的使用需要根据细菌培养和药敏结果来合理选择，不能滥用。