怀孕后上厕所有褐色分泌物可能是以下原因导致：
1.先兆流产：怀孕后出现褐色分泌物，可能是先兆流产的表现。这可能与胚胎发育异常、母体激素水平不足、子宫畸形等因素有关。此外，孕妇过度劳累、性生活不当、情绪波动等也可能引发先兆流产。除了褐色分泌物，还可能伴有阵发性下腹痛或腰背疼痛，严重时可能出现阴道流血。如果出现先兆流产，需要及时就医，医生会根据具体情况采取保胎治疗，如卧床休息、使用孕激素等。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。宫外孕时，随着孕囊的生长，会导致子宫蜕膜剥离，引起阴道出血。宫外孕导致的阴道出血通常量少，呈暗红色或褐色，还可能伴有一侧下腹部隐痛或酸胀感。如果怀疑异位妊娠，需要及时就医，进行超声检查等以明确诊断。一旦确诊，需要尽早治疗，以避免发生破裂、大出血等危险情况。
3.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生形成的赘生物，颜色鲜红、质脆、易出血。怀孕后，由于激素水平的变化，宫颈息肉可能会出现充血、水肿，导致阴道少量出血，表现为褐色分泌物。宫颈息肉通常需要手术切除。
4.其他：阴道炎、宫颈炎、胎盘前置状态、胎盘早剥等也可能导致怀孕后上厕所有褐色分泌物。
总之，怀孕后出现褐色分泌物需要引起重视，及时就医，进行相关检查，明确原因，并在医生的指导下进行治疗和处理。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情舒畅，按时进行产前检查。